Alejada como de costumbre de la Corte de Viena, Elizabeth, se encontraba el 10 de septiembre de 1898 en Ginebra con la condesa Irma Sztaray, dama de compañía de la Emperatriz.
También se encontraba en Ginebra Luigi Lucheni, un anarquista italiano que quería pasar a la historia por atentar contra un personaje importante, el elegido era el Príncipe de Orleans, pretendiente al trono francés, pero el príncipe ya no se encontraba en Ginebra y Lucheni se enteró por la prensa que la Emperatriz del Imperio Austro - Húngaro se encontraba allí, así que decidió cambiar de víctima.
Fue al encuentro de la Emperatriz y le clavó un estilete con tal precisión en el corazón que la emperatriz no se percató de lo ocurrido. Al embarcar en el barco para abandonar Ginebra se desmayó y al desabrocharle la camisa para facilitarle la respiración descubrieron unas pequeñas manchas de sangre, viendo así, que aquello era más que un simple desmayo. La Emperatriz falleció ese mismo día.
El 17 de septiembre de 1898, Elisabeth de Austria - Hungría fue enterrada en la Cripta Imperial de Viena, con todos los honores destinados a una emperatriz.