Los últimos años del Duque de Lerma, fueron años de descrédito.
El duque había amasado una inmensa fortuna y al parecer no de forma muy lícita, si no aprovechándose de su cargo de valido. Se comenzó una investigación de las finanzas del Reino y se comenzó a ver las irregularidades.
El 26 de marzo de 1618 se le concede al duque el capelo cardenalicio, así, de este modo, evitaba poder ser procesado, como sí le ocurrió a su hombre de confianza Rodrigo Calderón de Aranda que fue ajusticiado en 1621 en la Plaza Mayor de Madrid.
A raíz de convertirse en Cardenal se hizo popular la siguiente copla: "Para no morir ahorcado, el mayor ladrón de España se vistió de colorado".
Francisco Gómez de Sandoval - Rojas y Borja murió el 17 de mayo de 1625 en Valladolid.